Ο Francesco Bagnaia κέρδισε το Ιαπωνικό Grand Prix στην πίστα Motegiαφού προηγήθηκε του αγώνα στο Motegi από την αρχή μέχρι το τέλος, αφήνοντας πίσω του τον Jorge Martin. Ένα αποτέλεσμα που μείωσε τη διαφορά από τον Ισπανό στους 10 βαθμούς με τέσσερις γύρους να απομένουν μέχρι το τέλος της σεζόν. Η επίδοση του Martin από την 11η θέση στην εκκίνηση έως το να βρεθεί μόλις ένα δευτερόλεπτο πίσω από τον Bagnaia στο τέλος του αγώνα ήταν μια καθόλα επιτυχημένη προσπάθεια μετά από ένα δύσκολο Σαββατοκύριακο με την Pramac Ducati.
Ο poleman Pedro Acosta (Tech3 KTM) έπεσε και βγήκε εκτός αγώνα, όπως συνέβη και στο sprint του Σαββάτου όταν βρισκόταν στην πρώτη θέση πρώτος. Αυτή τη φορά, ο Ισπανός βρισκόταν στη δεύτερη θέση όταν έπεσε, έχοντας ήδη χάσει την πρωτοπορία από τον Bagnaia στην εκκίνηση.
Οι πρώτοι γύροι ήταν χαοτικοί, με αρκετούς αναβάτες να κερδίζουν και να χάνουν θέσεις. Ανάμεσα σε αυτούς ήταν ο Marc Marquez και ο Martin, οι οποίοι είχαν προκριθεί στις θέσεις 9 και 11 αντίστοιχα. Ο Martin βρέθηκε στη δεύτερη θέση ήδη από τον τέταρτο γύρο, όταν πέρασε τον Brad Binder της KTM. Ο ομόσταβλος του Binder, Jack Miller, έφτασε στην πέμπτη από την 14η θέση μόλις στον δεύτερο γύρο αλλά άρχισε να χάνει ξανά έδαφος. Από την άλλη, ο Maverick Vinales βρέθηκε στην ένατη θέση στον πρώτο γύρο, αφού είχε επαφή με τον Marquez στην πρώτη στροφή πριν εγκαταλείψει αργότερα.
Οι αναβάτες της VR46, Fabio di Giannantonio και Marco Bezzecchi, έχασαν επίσης αρκετές θέσεις μετά την εκκίνηση από την 7η και την 8η θέση αντίστοιχα, προτού αρχίσουν να ανακάμπτουν. Ο Bagnaia ηγείτο με 1.4 δευτερόλεπτα από τον Martin ενώ πίσω τους ήταν οι Marquez, Binder και τον Enea Bastianini στη δεύτερη κόκκινη εργοστασιακή Ducati. Ο Binder φαινόταν να δυσκολεύεται με τη μοτοσυκλέτα του και μπόρεσε να κρατήσει τον Bastianini πίσω του μόνο μέχρι τον 11ο γύρο.
Μετά από αυτή την κίνηση, δεν υπήρξαν περαιτέρω αλλαγές στις κορυφαίες τέσσερις θέσεις. Ο Bagnaia κατάφερε να κρατήσει πίσω του τον Martin κάνοντας μια τυπική διαχείριση αγώνα. Το ίδιο και για τον Marquez που δεν απειλήθηκε από τον Bastianini. Στους τελευταίους γύρους, ο Franco Morbidelli (Pramac Ducati) υποβίβασε τον Binder στην έκτη θέση. Επόμενος σταθμός το Philip Island της Αυστραλίας, 19 και 20 Οκτωβρίου.
Τελική κατάταξη
1 F. Bagnaia Ducati Team
2 J. Martin Pramac Ducati +1.189
3 M. Marquez Gresini Ducati +3.822
4 E. Bastianini Ducati Team +4.358
5 F. Morbidelli Pramac Ducati +17.940
6 B. Binder KTM +18.502
7 M. Bezzecchi VR46 Ducati +19.371
8 F. Di Giannantonio VR46 Ducati +20.199
9 A. Espargaro Aprilia Racing +30.442
10 J. Miller KTM +31.184